Virgin Express wurde 1992 von der City Hotels Gruppe als EuroBelgian Airlines (EBA) gegründet und brachte anfangs nur Charterflüge auf den Markt. Die ersten Linienflüge begannen im Jahr 1994. Nachdem Virgin Group die belgische Fluglinie im April 1996 gekauft hatte, wurde sie in Virgin Express umbenannt.

Ab 1993 verlagerte die Fluggesellschaft ihren Schwerpunkt von Charterflügen hin zu Linienflügen. Virgin Express ist jetzt vor allem auf Linienflüge konzentriert, hat aber noch Charterflüge im Programm, die mit anderen Reiseveranstaltern vereinbart werden.